タスクトレイのアイコンをクリックしてメニューから"設定"を選択するか、config.exeを起動します。どちらの方法でも違いはありません。
ウインドウ左上の"設定保存"ボタンを押すと設定が保存されます。shttpd.exeが起動している場合は自動で新しい設定が反映されます(shttpd.exeを再起動させたりする必要はありません)。サービスで動作させている場合はサービスの再起動が必要です。
HTTP/FTPの認証設定については編集するごとに自動で保存されているので"設定保存"ボタンは関係ありません。サービスの再起動も必要ありません。